Sekolah ini mula beroperasi pada tahun 2001 dengan nama Sekolah Kebangsaan Pengkalan Jaya. Nama Pengkalan Jaya diilhamkan oleh Guru Besar pertama sekolah ini sempena gabungan nama tempat dan konsep kejayaan menyeluruh. Motif ini diabadikan pada lambang lencana sekolah dengan huruf bingkai PJ. Pada asalnya sekolah ini dinamakan dengan Sekolah Kebangsaan Tasek Gelugor II kerana pada peringkat perancangan awal SKTG yang berada di Jalan Besar Tasek Gelugor akan berpindah ke sini sepenuhnya. Sehubungan dengan ini pada peringkat permulaannya semua urusan mesyuarat dan perundingan dikendalikan oleh En. Aboo Hassan b. Ahmad selaku Guru Besar Sek. Keb. Tasek Gelugor.
Namun begitu pada 08 November 2000 suatu mesyuarat khas telah diadakan di Pejabat Pendidikan Daerah Utara/Tengah bersama semua guru yang terpilih untuk ditempatkan ke SKPJ sebagai kumpulan pertama yang meneroka sekolah baru ini. Ianya terdiri daripada Haji Abdul Rahman b. Hj. Jamaludin - Guru Besar, En. Noor Azhar b. Mansor – Pen. Kanan Pentadbiran, Haji Sabri b. Hj. Sulaiman – Pen. Kanan Hal Ehwal Pelajar, En. Mohd Fuaad b. Ismail – Pen. Kanan Kokurikulum, bersama tenaga pengajar 17 orang guru dan seorang Pembantu Tadbir serta seorang Pembantu Am Rendah. Memandangkan sekolah ini muncul secara ‘tiba-tiba’ maka pada tahun 2001 banyak kemudahan yang tidak lengkap tetapi dibekalkan secara beransur-ansur. Persekitaran lokasi sekolah kosong kerana tiada peruntukan landskap. Sebanyak 11 buah kelas dibuka dan beroperasi bermula dari Tahun 1 hingga Tahun 4 sahaja dengan bilangan pelajar seramai 384 orang yang dipindahkan sebahagian besarnya dari Sek. Keb. Tasek Gelugor dan selebihnya dari Sek. Keb. Padang Menora berdasarkan alamat terdekat. Tahun 1 (3 kelas), Tahun 2 (3 kelas), Tahun 3 (2 kelas) dan Tahun 4 (3 kelas).